O Bioplant possui um plano de estudos com uma parte letiva muito flexível e adaptável à formação anterior dos estudantes, e oferece a possibilidade de desenvolvimento de investigação original em áreas muito diversas da Biologia de Plantas, existentes nas três Universidades e Centros de Investigação associados (Despacho nº 4365/2012, DR 2º série, nº 62, de 27 de Março). Para além da tese, o Bioplant inclui: i) uma rotação de uma semana por cada uma das três Universidades, em que os estudantes tomam contacto com a diversidade da investigação em Plantas desenvolvida em cada uma das três Instituições e Centros de Investigação associados, ii) a elaboração do projeto a ser desenvolvido na tese, iii) um leque opcional de formações avançadas, rotações laboratoriais e workshops e iv) a frequência de seminários e congressos.  Todos os anos é organizado um conjunto de Workshops Bioplant envolvendo formadores nacionais e estrangeiros.